Именно по движку может не быть ни ошибок, ни каких-то особых явных проблем. Вопрос в другом.
Если грубо на пальцах, то, условно, коробка должна переключаться с 3 на 4 передачу при оборотах от 1900 до 2000, скорости от 79 до 80, угле открытия ДЗ от 3° до 3,5° (цифры от балды). А по факту в момент переключения какой-то из параметров немного выходит за пределы референсных значений, поэтому коробка сначала втыкает 4, а потом тут же возвращается назад.
Надо не ошибки было по коробке или движку смотреть, а условия их совместной работы.
Я б тебе рекомендовал всё же почистить в движке, что я говорил, в любом случае, вреда не будет точно, а там, как знать, глядишь и дерганье уйдет.