Нужно, во-первых, убедится, что молдинги без фар скроют эти отверстия. Если так, то остальное не проблема, либо заклеить пленкой, либо подобрать резиновую заглушку, либо просто замазать отверстие в резинке, через которую проходят провода, герметиком.
Кстати, дырявить крышу при установке "люстры" я бы не стал. Провода можно продернуть со стороны задних фонарей, и проложить внутри рейлингов.